在已经建立仓储管理信息系统的企业中，大多数建立仓储管理信息系统的企业都认为，系统不能针对自身行业的特点进行有效的仓储管理，甚至还有很多的企业目前都没有建立仓储管理信息系统的计划。
供应链上下游企业之间的物流信息化标准一般都没有进行统一的规定，这就使得这些企业之间的仓储信息系统对接和数据资源共享成了问题，较差的兼容性严重制约了供应链上下游企业之间仓储信息系统之间的数据信息共享。
国内仓储管理信息系统的开发人员大部分对仓储基本的业务流程都不能熟练掌握，即使能开发出来仓储信息系统，但也不能符合国内企业对仓储管理的实际需求，而且能对高层管理者提供决策帮助的仓储管理信息系统更是少之又少。
仓储管理信息系统的开发人员对信息系统的设计开发目标不够明确，不能很好地了解企业对仓储管理中的实际需求，而能将仓储管理系统的核心——管理思想融入其中的更是为数不多。各个行业真正需要的仓储软件，不仅是运用成熟的、先进的信息技术，还要结合先进的管理和丰富的仓储业务经验的管理软件。
